Daikin klima-uređaji opremljeni različitim filterima koji osiguravaju čist zrak. Comfora, Emura i Stylish zidne jedinice posjeduju anti-alergenski i titanski filter. Anti-alergenski filter sakuplja prašinu i pelud iz zraka s učinkovitošću preko 99%, dok titanski filter uklanja neugodne mirise koji mogu nastati zbog duhanskog dima ili kućnih ljubimaca u domu.
U Stylish i Perfera zidne jedinice ugrađen je i napredni filter Flash Streamer: posebna vrsta naprednog filtera koji stvara elektrone visoke brzine te u kemijskoj reakciji razlaže alergene, pelud i neugodne mirise, osiguravajući kvalitetniji, čišći zrak. S učinkovitošću do čak 97%, odstranjivanje nečistoća je moguće već 15 minuta nakon početka procesa.